Az országban kipusztultnak hitt növényfaj genomját rekonstruálták a Debreceni Egyetem kutatói

Rekonstruálták egy, az országban korábban kipusztultnak hitt, kertészeti jelentőséggel bíró vadon élő növényfaj, a csipkés gyöngyvessző genomját a Debreceni Egyetem (DE) kutatói. A minta begyűjtésétől, a DNS kivonásán át az adatok generálásáig, majd a bioinformatikai analízisig mindent a DE berkein belül készítettek el. Az erről szóló publikáció a Nature lapcsalád szakfolyóiratában, a Scientific Data-ban jelent meg. 

A közlemény szerint 2020-ban vágott bele az egyetem kutatócsapata abba a munkába, amelynek a végeredményéhez hasonlót eddig még soha senki nem produkált hazánkban. Az első, Magyarországon összeszerelt nem-modell növényfaj genomjának (teljes bázissorrendjének) rekonstruálása és leírása egyedülálló a maga nemében - írták.

Különböző genomszekvenálási stratégiákat ötvöztek

"A növény genomjának jellemzését végeztük el, ami azért fontos, mert az élőlények DNS-e nagyon sok titkot elárul a gazdájukról. Minden korábbi módszernél jobban meg tudjuk ítélni a tanulmányozott faj környezeti igényeit, rokonsági kapcsolatait és hogy mekkora genetikai tartalékkal rendelkezik. Különböző genomszekvenálási stratégiákat ötvözve igen magas színvonalon tudtuk elvégezni a munkát. Így sokkal pontosabb képet alkothattunk a faj teljes genetikai állományáról" - mutatott rá Laczkó Levente, aki az egyetemen működő, kiváló minősítéssel elismert MTA-DE Lendület Evolúciós Genomikai Kutatócsoport tagjaként vállalt oroszlánrészt a genom karakterizációjában.

Sramkó Gábor, a kutatócsoport irányítója kiemelte: a minta begyűjtésétől a DNS kivonásán át, az adatok generálásáig, majd a bioinformatikai analízisig mindent házon belül csináltak. 

Hazai környezetben maradt a megoldás

"Egyik folyamat során sem kellett igénybe vennünk egy gyakorlott külföldi szakember segítségét, ami arra utal, hogy Debrecenben képesek lehetünk betölteni azt az űrt, amely hazánkban nem-modell szervezetek genom összeszerelésének tekintetében megfigyelhető. Nagyon kevesen értenek ahhoz, miként is kell a nulláról összerakni egy genomot" - magyarázta.

A legtöbb állathoz képest a növények kifejezetten nagy kihívást jelentenek ebben a tekintetben. Magyarországon jelenleg még nincs meg az a szakembergárda, amely ezt magabiztosan meg tudná csinálni, ám egyetemünk úttörő lehet ezen a téren - fűzte hozzá a szakember. Azt is megemlítette, hogy szintén a Debreceni Egyetemen rakták össze elsőként hazánkban egy nem-modell állatfaj, a nagyfejű csajkó genomját. További részleteket a kutatásról az intézmény weboldalán lehet megtudni.